L’Atelier des Territoires fait appel en tant que de besoin à des bureaux d’études spécialisés dans les domaines suivants :
- l’écologie,
 - le paysage,
 - l’acoustique,
 - la qualité de l’air,
 - les vibrations,
 - l’énergie,
 - l’architecture,
 - l’hydraulique, hydrologie et hydrogéologie,
 - la géologie et la géotechnie,
 - les sols pollués,
 - les projets routiers et ferroviaires,
 - les voiries et réseaux divers,
 - le foncier,
 - le logement,
 - le bâtiment,
 - la sociologie,
 - le droit.
 
Ces experts installés dans le Grand Est ou dans d’autres régions interviennent aux côtés de l’Atelier des Territoires en co-traitance ou sous-traitance.